En 1990 et 1991 plus de 1000 militaires négro-mauritaniens sont arrêtés et torturés, environ 500 sont exécutés.
A la fin des années 1980, les autorités de la République Islamique de Mauritanie ont été dénoncées par les ONG nationales et internationales comme étant responsables de graves violations des droits de l’Homme à l’encontre des Négro-mauritaniens (la population mauritanienne est constituée de Haratines, de Négro-mauritaniens et de Maures ou Beydanes).
Dès 1987, des officiers de l’armée mauritanienne, tous Négro mauritaniens, accusés par le pouvoir de fomenter un coup d’Etat, sont arrêtés, torturés, certains exécutés. Une centaine de ces personnes seront condamnées la même année par la Cour Spéciale de Justice.
Dans le même temps, commence une véritable purge au sein de l’administration dans le dessein d’écarter les Négro-mauritaniens de toute responsabilité. Certains villages Peuls du sud de la Mauritanie à la frontière sénégalaise sont attaqués, incendiés par l’armée Mauritanienne, jetant sur le chemin de l’exil de nombreuses familles.
Au cours du second semestre de l’année 1990, plusieurs milliers de militaires, soldats et sous-officiers en majorité, et de fonctionnaires des corps de la Garde, de la Gendarmerie et de la Sûreté, sont arbitrairement arrêtés et torturés, une nouvelle fois sous prétexte d’un complot qui n’a jamais été démontré. Toutes les personnes visées par le pouvoir sont négro-mauritaniennes.
Plusieurs centaines d’individus ont été tués dans des conditions atroces : certains ont été enterrés vivants, d’autres brûlés, d’autres écartelés entre deux véhicules, d’autres pendus.
Au début de l’année 1991, les autorités militaires qui supervisaient l’instruction ont décidé de déférer certains accusés devant la Cour Spéciale de Justice pour tentative de coup d’Etat. Les avocats de la défense empêchés dans leurs droits tout au long de la procédure -décident de boycotter le procès. Ce dernier est renvoyé sine die.
Finalement, face aux protestations de la communauté internationale, tous les rescapés seront libérés au cours du mois d’avril 1991 dans la précipitation et sans la moindre formalité judiciaire. Nombre d’entreeux ont décidé de quitter la Mauritanie pour demander, et obtenir, l’asile politique en France.